液體菌種替代固體菌種的趨勢已經被大家認可了，現在越來越多的工廠開始使用液體菌種進行生產，雖然液體菌種各項生產指標都優于固體菌種，但是液體菌種的風險性卻逐漸被人們所忽視。液體菌種接種前一定要經過嚴格的檢測才能夠使用，但是更重要的是一旦發酵罐出現染菌，一定要盡快分析出染菌的原因，并加以解決。要分析染菌的原因得從每一個環節出現染菌的表現說起，反過來，當出現染菌，我們就能找到是哪個環節出現問題了。 
1、滅菌 
發酵罐滅菌不徹底引起的染菌會在里2-3天內表現出來，表現是培養液逐漸變得渾濁，菌球形成和生長變慢，不同細菌從排氣味道上表現的程度有所不同，必須要注意的是如果培養的是低溫品種，如金針菇，有表現的時間會延后，甚至到接種前從宏觀上也沒有明顯的表現，只有通過檢測才能確定已經感染細菌了。引起發酵罐滅菌不徹底的原因主要在滅菌鍋（韓式發酵罐），單體罐只要在滅菌過程的操作上。 
解決辦法：韓式發酵罐，檢查滅菌鍋程序、管路、電磁閥（氣動閥）、溫度傳感器、壓力傳感器等。單體發酵罐，檢查冷空氣是否排凈、管路滅菌是否達標等。經過排查還不能解決，就需要適當增加滅菌時間或者滅菌溫度。 
2、冷卻 
冷卻過程引起染菌主要是因為冷卻過程到壓力“0”以前沒有及時給發酵罐進氣，造成負壓，雖然管路都安裝有單向閥，但是要知道單向閥不是絕對的，而且單向閥使用時間久了出現故障的可能性很高。一般因為冷卻引起的染菌幾率不高，染菌表現出來的時間比滅菌不徹底引起的染菌要晚一些。 
解決辦法：發酵罐冷卻時安排專人負責，避免出現負壓的情況，加強發酵罐管件的日常檢查維護。 
3、接種 
發酵罐接種的過程是罐體開放與外界連通的過程，是較危險的環節，接種引起的染菌表現嚴重時會很快，在1-2天就有可能表現出來，主要是人員操作不當所引起，食用菌層流罩凈化效果下降也會引起染菌。 
解決辦法：加強接種人員的操作技能，要制定出操作規程；定期檢查接種層流罩的凈化效果，必要時每天對層流罩進行平板沉降檢測。 
4、氣源 
氣源引起發酵罐染菌表現出來的時期不確定，沒有規律，同時氣源帶菌的輕重對染菌表現也有輕重之分。特別是氣源進水引起的影響較大，氣源引起染菌有一個較大特點是不同天數的發酵罐同時表現染菌。 
解決辦法：每天或者定期對無菌空氣質量進行檢測，加強無菌空氣系統設備的巡檢工作。氣源長時間中斷也會對液體菌種生長造成影響，但一般不會引起染菌。 
5、三角瓶菌種 
三角瓶菌種不純會直接導致發酵罐染菌，表現的時期也很早，較快1天就會出現劇烈的表現，這種情況出現的幾率不是很大，但是也要對三角瓶菌種的純度給予足夠的重視，一個合格的液體菌種技術員不單是發酵罐做的好，制作試管母種和三角瓶的水平也很重要。 
解決辦法：重視和加強試管母種、三角瓶菌種制作水平，做好標準，并且要執行，如果對三角瓶菌種沒有把握，可以將接種后的三角瓶進行空培養。