食用菌液體菌種發酵罐在結構上有很多種，幾乎每個廠家的發酵罐都有一定的區別，但是可以把食用菌液體菌種發酵罐分為兩種：移動式發酵罐和固定式發酵罐。
移動式發酵罐： 
可以移動的發酵罐，發酵罐整體在滅菌鍋內滅菌，滅菌后冷卻、接種后，推入發酵罐培養室。 
固定式發酵罐： 
固定在發酵罐培養室，滅菌、冷卻、接種都是在發酵罐培養室完成的。 
兩種發酵罐在結構和工作原理上有很大的區別，兩者各有其優點和缺點，在大家通常知道的這些優點和缺點上兩者似乎旗鼓相當，比如： 
移動的發酵罐在滅菌鍋內滅菌，滅菌更容易徹底，不容易出現滅菌“死角”，而固定式發酵罐用電或者蒸汽既可滅菌，不需要購買專門的滅菌鍋。 
移動式發酵罐對輪子和地面都有很高的要求，容易損壞地面，而固定式發酵罐則不存在這些問題。 
正是因為兩者各自的優缺點，兩者都在食用菌行業廣泛使用，不同的生產方式和規模根據實際情況采用不同方式的發酵罐，但是很多人忽略了移動式發酵罐和固定式發酵罐較大的區別。 
兩者較大的區別： 
移動式發酵罐是接種后推入發酵罐培養室的，在培養室幾乎沒有任何的操作了，因此發酵罐培養室的環境和溫度非常穩定。 
固定式發酵罐是在發酵罐培養室完成滅菌、冷卻、接種的，發酵罐培養室的環境和溫度及其不穩定，發酵罐滅菌的溫度是122℃，一定會對兩側發酵罐的溫度帶來影響，在滅菌的過程中還會產生廢氣和廢水，影響發酵罐培養室的環境。 
也就是說在環境和溫度的穩定性上，移動式發酵罐要優于固定式發酵罐，這也是大型食用菌工廠普遍采用移動式發酵罐的原因。  
了解了這一點，并不是一味的選擇移動式發酵罐，而是要根據自己的實際情況決定是選擇移動式發酵罐，還是固定式發酵罐了。